郑铮

笔者:bck体育网页版 发布时间:2019.01.16 19:21
  
  姓名:郑铮  
   性别:男

  出生年月:1984年5月

  学位:博士  
  职称:教授
  联系电话:13552856384   
  Email:johnzhengzz@163.com
 

  教育经历: 

  2008—2013 美国佛罗里达大学(University of Florida),化学,博士

  2003—2007 北京大学,药学,学士

  工作经历

  2014年至2018年于美国密歇根州立大学(Michigan State University) 担任助理研究员(Research Associate),师从Kenneth Merz Jr.教授,并于2014年底开始与美国QuantumBio Inc. 合作,兼职担任该公司技术顾问(Technical Consultant),后于2018年初开始担任该公司研究员(Scientist)。

  研究领域: 

  1. 计算化学   2. 化学及生物信息学    3. 计算机辅助分子设计    4. 蛋白质工程

  课题组主要进行与计算化学、化学及生物信息学等领域相关的算法研究与开发,目前已获专利并投入使用的相关方法包括:“Movable Type”分子自由能模拟算法、MT-Docking分子对接算法、MT-CS及MTflex生物分子构象搜索算法等。

  课题组同时利用已有算法对生物分子体系的热力学性质、结构设计、物理化学过程等领域进行研究。主要针对蛋白质-小分子体系、蛋白质-核酸体系及蛋白质结构搭建等方向。

  课题组与美国QuantumBio Inc.公司保持合作,进行相关算法及软件产品的研发及测试工作。

  代表性论文与专利: 

  现已在Nature Chemistry,Journal of American Chemical Society,Journal of Chemical Theory and Computation等国际权威期刊发表学术论文20余篇,以第一发明人身份获得美国专利2项及国际专利1项。专利通过授权形式已完成产品化及商业化。近年以来的代表性论文如下:

  1. Bansal, N.; Zheng, Z.; Song, L. F.; Pei, J.; Merz Jr., K. M. The Role of the Active Site Flap in Streptavidin/Biotin Complex Formation. J. Am. Chem. Soc. 2018, 140, 5434–5446.

  2. Zhong, H. A.; Santos, E. M.; Vasileiou, C.; Zheng, Z.; Geiger, J. H.; Borhan, B.; Merz Jr., K. M. Free Energy Based Protein Design: Reengineering Cellular Retinoic Acid Binding Protein II Assisted by the Moveable-Type Approach. J. Am. Chem. Soc. 2018, 140, 3483–3486.

  3. Burns, L.; Faver, J.; Zheng, Z.; Marshall, M.; Smith, D.;Vanommeslaeghe, K.; MacKerell, A.; Merz Jr., K. M.; Sherrill, C. D., The BioFragment Database (BFDb): An Open-Data Platform for Computational Chemistry Analysis of Noncovalent Interactions. J. Chem. Phys. 2017, 147,16172

  4. Zheng, Z.; Bansal, N.; Cerutti, D.; Merz Jr., K. M., On the fly estimation of host–guest binding free energies using the movable type method: participation in the SAMPL5 blind challenge. J. Comput. Aided Mol. Des. 2016, 31, 47.

  5. Bansal, N.; Zheng, Z.; Merz Jr., K. M., Incorporation of Side Chain Flexibility into Protein Binding Pockets using MTflex. Bioorg. Med. Chem. 2016, 24, 4978–4987.

  6. Pan, L.; Zheng, Z.; Wang, T.; Merz Jr., K. M., A Free Energy Based Conformational Search Algorithm Using the “Movable Type” Sampling Method. J. Chem. Theory Comput. 2015, 11, 5853.

  7. Han D., Wu C., You M., Zhang T., Wan S., Chen T., Qiu L., Zheng Z., Liang H., Tan W. A cascade reaction network mimicking the basic functional steps of adaptive immune response. Nat. Chem. 2015, 7, 835–841.

  8. Zheng, Z.? Wang, T.? Li, P.? Merz, K. M. Jr. KECSA-Movable Type Implicit Solvation Model (KMTISM).J. Chem. Theory Comput. 2014,11, 667-682.

  9. Ucisik, M. N.;  Zheng Z.; Faver, J. C.; Merz Jr, K. M., Bringing Clarity to the Prediction of Protein–Ligand Binding Free Energies via “Blurring”. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 1314.

  10. Zheng, Z.; Ucisik, M. N.; Merz Jr, K. M., The Movable Type Method Applied to Protein–Ligand Binding. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 5526.

  11. Zheng, Z.; Merz Jr, K. M., Development of the Knowledge-Based and Empirical Combined Scoring Algorithm (KECSA) To Score Protein–Ligand Interactions. J. Chem. Inf. Model.2013, 53, 1073.

  所获专利如下: 

  1. Zheng, Z., Merz Jr, K. M., “Movable Type Method Applied to Protein-Ligand Binding” 2013, International Patent, Publication No. WO2015066415A1.

  2. Zheng, Z., Merz Jr, K. M., “Movable Type Method Applied to Protein-Ligand Binding” 2013, US Patent, Publication No. US20160350474A1.

  3. Zheng, Z., Merz Jr, K. M., “Ligand Identification Scoring” 2013, US Patent, Publication No. 20130304433A1.

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